Úkol:

  1. Uveďte hodnoty torzních úhlu φ a ψ pro ALA.
  2. Pomocí konvence trans/cis/gauche zapište konformaci páteře aminokyseliny ALA (například gauche(+)gauche(+)).
  3. Pomocí konvence (syn/anti) (klinální/periplanární) zapište konformaci páteře aminokyseliny ALA (například +sc, +sc).
  4. Do Ramachandranova diagramu zakreslete konformaci páteře aminokyseliny ALA.

Příklad 1:

(pdb)

Výsledky:

  1. φ=60°, ψ=-60°
  2. gauche(+), gauche(-)
  3. +sc, -sc

  4. ramachandran 1

Příklad 2:

(pdb)

Výsledky:

  1. φ=±180°, ψ=0°
  2. trans, cis
  3. -ap (+ap), -sp (+sp)

  4. ramachandran 2