Úkol:
- Uveďte hodnoty torzních úhlu α, β, γ, ε, ζ a χ.
- Uveďte konformaci pentosového kruhu pomocí symbolu (například 1E).
- Uveďte konformaci pentosového kruhu pomocí konvence endo/exo (například C4'-exo).
- Uveďte hodnotu pseudorotační fáze pentosového kruhu.
- Uveďte, zda je nukleotid součástí molekuly DNA nebo RNA.
- Uveďte název báze nukleotidu (například adenin).
Příklad 1:
(pdb)
Výsledky:
- α=±180°, β=±180°, γ=±180°,
ε=±180°, ζ=±180°, χ=-90°
- C2′-endo
- 2E
- 162°
- DNA
- thymin
Příklad 2:
(pdb)
Výsledky:
- α=±180°, β=±180°, γ=±180°,
ε=-60°, ζ=-60°, χ=±180°
- C1′-exo
- 1E
- 126°
- RNA
- uracil