Úkol:

Získali jste cDNA vašeho proteinu, který se skládá z 253 aminokyselin, a naklonovali jste ji do expresního plasmidu tak, aby krátce za 3' koncem cDNA následovala plasmidová sekvence ACG GCC GTC GTT TTA C. Pro kontrolu sekvence vašeho genu pomocí dideoxy metody jste použili primer 5'GTA AAA CGA CGG CCG T3'. Výstup sekvenátoru obsahoval přiložený fragment, odpovídající přibližně stému nukleotidu v sekvenci. Červeně je značen signál fluoroforu navázaného na ddTTP, modře na ddCTP, zeleně na ddATP a černě na ddGTP, časová osa probíhá zleva doprava (signály v levé části odpovídají nukleotidům, které prošly detektorem nejdříve).

1. Napište úsek sekvence vlákna DNA obsahujícího vaši cDNA, který odpovídá uvedenému fragmentu výstupu sekvenátoru.

2. Napište příslušný úsek sekvence mRNA, která sloužila jako templát pro vaši cDNA.

3. Napište úsek sekvence proteinu, který je kódován tím úsekem vašeho genu, jehož sekvenci čteme ve výstupu sekvenátoru. Uveďte všechny aminokyseliny, které můžeme jednoznačně určit.

Output 1

Output 2

Výsledky:

Output 1

1. 5' CGGGTCAGCTTATGG 3'

2. 5' CCAUAAGCUGACCCG 3'

3. N-His Lys Leu Thr Arg-C

Output 2

1. 5' TACGTTTCACCCTAA 3'

2. 5' UUAGGGUGAAACGUA 3'

3. N-Arg Val Lys Arg-C

Příklad řešení:

1. Output 1 = komplementární k cDNA

5' CCATAAGCTGACCCA 3' proto cDNA

3' GGTATTCGACTGGGC 5'

tedy psáno od 5' konce 5' CGGGTCAGCTTATGG 3'

2. k tomu komplementární mRNA 5' CCAUAAGCUGACCCG 3'

3. Tři možné čtecí rámce :

5' CCA UAA GCU GAC CCG 3' obsahuje stop kodón UAA

5' CC AUA AGC UGA CCC G 3' obsahuje stop kodón UGA

5' C CAU AAG CUG ACC CG 3' neobsahuje stop kodón, kóduje Tyr Lys Val Thr, poslední kodón CGN musí kódovat Arg (degenerace)